O Shiatsu utiliza, embora com técnicas diferentes, os mesmo pontos e meridianos que a acupunctua, seguindo os mesmos princípios. Existem gravações sobre acupunctura de datam de 1600 a.C.. O primeiro tratado com informação em quantidade e qualidades relevantes, Nei Ching, o livro do Imperador Amarelo, foi escrito há mais de 2000 anos (entre 400 e 200 a.C.), embora haja evidências de que as suas raízes datem de há cerca de 5000 anos. Os conhecimentos nele contidos eram, anteriormente, transmitidos por tradição oral. Os rudimentos destas terapias são extremamente antigos e nunca pararam de evoluir, sendo as técnicas actuais resultado de 5000 anos de estudo e experimentação.
A medicina chinesa (kampo) foi unificada na dinastia Han (de 206 a.C. a 200 d.C.). Antes, dividia-se em dois ramos principais; a sul da China, de terras férteis, que empregava raizes e ervas, e a norte do rio amarelo, região de solo rochoso onde surgiu a acupunctura, moxa e massagem (anma).
Este sistema de medicina foi introduzido no Japão no século VI, aproximadamente uma década depois do Budismo, que, acredita-se, entrou no Japão em 552. Estava então o Japão no período Asuka. Desde então este permaneceu como principal sistema de medicina, até ao final do período Edo (que terminou em 1867).
Nesta altura começou a entrar no Japão a ciência médica ocidental, que veio dominar a madicina da nação durante o período Meiji (de 1868 a 1912), principalmente por causa dos seus métodos cirúgicos e pela sua eficácia no combate a epidemias. No entanto, no século XX as limitações das técnicas ocidentais tornaram-se evidentes. As antigas terapias foram reavaliadas e hoje convivem com a medicina ocidental nos hospitais.
O shiatsu tornou-se reconhecido como uma forma de terapia há aproximadamente 70 anos. Quando o governo do Japão desenvolveu regulamentos exigindo que os praticantes de anma se licenciassem, muitos terapeutas mudaram o nome do seu tipo de tratamento para shiatsu, por forma a evitarem essa regulamentação. Mais tarde esta forma de tratamento foi reconhecida e legitimada, devido à sua eficácia e popularidade.
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